Lembaga Pelabuhan Johor juga aktif dalam penglibatan dengan agensi/institusi lain dalam pelbagai bentuk kerjasama dari aspek kemajuan industri maritim sehingga kelestarian alam sekitar.
Berikut adalah beberapa kerjasama/perjanjian persefahaman yang telah dimeterai:
| AGENSI/INSTITUSI | BENTUK KERJASAMA |
| PT Pelabuhan Indonesia 1 (PELINDO 1) |
Perjanjian Persefahaman antara LPJ dan PT Pelabuhan Indonesia (Pelindo 1) telah ditandatangani pada 29 Disember 2017. Perjanjian persefahaman ini ditandatangani adalah untuk mewujudkan satu hubungan kerjasama antara LPJ dan PELINDO 1 khususnya di dalam bidang berkaitan kajian pelabuhan, latihan, pertukaran maklumat, bantuan teknikal serta pembangunan lalu lintas dan promosi perkhidmatan yang boleh diberikan oleh JPB, PTP dan PELINDO 1. |
| Iskandar Halal Park (IHP) |
Perjanjian Persefahaman di antara LPJ dan IHP telah ditandatangani pada 18 Mac 2018. Perjanjian Persefahaman ini merupakan satu permulaan bagi mencapai objektif bersama dalam menuju ke arah pembangunan Johor sebagai hub halal dan hub logistik halal yang berhubung kait dalam pembangunan ekonomi dan perdagangan halal yang signifikan khususnya kepada pelabuhan Johor. |
| Malaysian Green Technology Corporation (MGTC) |
Perjanjian Persefahaman LPJ-MGTC telah ditandatangani pada 6 Oktober 2016. Usaha sama ini adalah bagi menjalankan “Sustainable Project 2016-2018” bagi meningkatkan rating Penarafan Hijau (PH) JKR bangunan LPJ daripada taraf 3 ke 5 bintang. Projek ini merujuk kepada Polisi Pelabuhan Hijau LPJ 2014-2020, di bawah program mempromosi kemampanan dengan menggunakan inisiatif teknologi hijau dan tatacara amalan yang terbaik bagi mengurangkan kesan kepada alam sekitar. Selain itu, ia juga berlandaskan kepada Teras Strategik ke-6 Rancangan Malaysia ke-11, di mana kerajaan telah menetapkan sasaran 20% Perolehan Hijau Kerajaan menjelang tahun 2020 bagi merealisasikan agenda pembangunan hijau dan matlamat penghasilan serta penggunaan mampan. |
| Vessel Traffic Monitoring System (VTMS) |
Perjanjian Persefahaman telah ditandatangani antara LPJ-PTP pada 8 Januari 2015 serta LPJ-JPB pada 11 September 2017 bagi membangunkan & menaik taraf sistem Vessel Traffic Management System (VTMS). Ia merupakan projek usahasama bagi pengawalseliaan trafik dan operasi perkapalan di dalam had Pelabuhan Tg Pelepas dan had Pelabuhan Pasir Gudang. |
| Anak Alami Enterprise (Kelab Alami) |
LPJ dan Anak Alami Enterprise telah menandatangani satu Perjanjian Persefahaman pada 29 April 2018. Tujuan Perjanjian Persefahaman ini adalah untuk menjalankan kajian ke atas spesis Dugong, Memerang dan Kuda Laut di had perairan Tg Pelepas. Kajian ini adalah salah satu inisiatif bagi tujuan untuk memelihara habitat spesis berkenaan dan warisan semulajadi di had perairan Tg Pelepas. |