Logo ini mengandungi 3 huruf di dalam satu bentuk iaitu L, P dan J. 

  • huruf "L" bermaksud Lembaga.
  • huruf "P" bermaksud Pelabuhan.
  • huruf "J" bermaksud Johor. 

Apabila huruf-huruf ini digabungkan, ianya akan menjadi perkataan "LEMBAGA PELABUHAN JOHOR".

Warna biru pada logo menunjukkan laut yang berhubung kait dengan industri maritim. Warna biru juga melambangkan semangat perpaduan dan harmoni di dalam masyarakat pelabuhan bagi menjana perkhidmatan yang berkualiti serta bertaraf antarabangsa.

Di tengah-tengah perkataan Johor mempunyai garisan. Garisan ini melambangkan gelombang yang merupakan cabaran yang perlu dihadapi, untuk mencapai visi dan misi Lembaga Pelabuhan Johor.