Lembaga Pelabuhan Johor (LPJ) diberi kuasa untuk mengawalselia Pelabuhan Tanjung Pelepas. Dengan kuasa yang diberikan, LPJ bertanggungjawab terhadap segala operasi yang dijalankan di pelabuhan.  Pengguna pelabuhan dikehendaki mematuhi semua undang-undang dan peraturan yang telah ditetapkan oleh LPJ. LPJ juga berkuasa untuk mengeluarkan saman kepada pihak-pihak yang melanggar undang-undang atau peraturan semasa berada di dalam kawasan pelabuhan. Selain daripada itu, LPJ juga mempunyai kuasa untuk memantau prestasi pelabuhan supaya sentiasa berada pada taraf yang baik. Pihak Pelabuhan Tanjung Pelepas pula perlu menghantar laporan yang telah ditetapkan kepada LPJ dalam masa yang telah ditetapkan.

Kedudukan Strategik

Ia terletak di kawasan seluas 1935 ekar tanah dan dilindungi oleh sebuah teluk air-dalam. Tambahan, kedudukannya yang strategik berada diantara laluan perkapalan antarabangsa yang tersibuk di dunia, menjamin peluang yang baik untuk Perlabuhan Tanjung Pelepas menjadi tempat persinggahan bagi kapal - kapal yang melalui perairan ini. Keadaan semulajadi PTP yang berada di air-dalam mencecah 15 meter dari aras permukaan, mempunyai saluran sepanjang 12.6 km dan lebar seluas 250 meter, memberi PTP kelebihan dalam mengurangkan masa menunggu bagi kapal - kapal yang ingin berlabuh.

PTP dihubungkan oleh lebuhraya Utara-Selatan (menghubungkan Singapura ke Sepadan Thailand), serta rangkaian dari PTP ke Kempas (menghubungkan pelabuhan ke grid nasional) membuatkan ia mudah disinggahi oleh semua pihak dari seluruh negara. Pelabuhan ini juga berada dikawasan Zon Bebas yang termasuk Zon Komersil Bebas dan Zon Perdagangan Bebas. Ia memberi keistimewaan kepada pelanggan supaya bebas dari prosedur kastam, duti import dan export dan lesen import. PTP juga menyediakan aktiviti tambahan untuk memenuhi permintaan pasaran.

Kemudahan Terminal
Terminal ini menyediakan 6 dermaga yang berukuran 360 meter setiap satu, berjumlah sepanjang 2.16km barisan dermaga. 14 buah Super Post Panamax kren tepian pangkalan boleh mengangkat sebanyak 18 buah kargo, dengan tambahan 10 kargo dan 22 buah kotak, membolehkah ia menepati permintaan generasi kapal-kapal kargo yang singgah kemudian.

Sebuah bangunan simpanan kontena yang terbesar di negara terletak di bahagian belakang dermaga - dermaga ini. Ia boleh menyimpan atau menampung sebanyak 110,000 TEU termasuk lebih daripada 2,000 'point reefer'. Selain daipada itu, kawasan untuk menyimpan kargo berbahaya (dangerous cargo), 70 buah kren, dan trailer atau pengangkutan utama seperti 'forklifts' juga disediakan bagi menyediakan perkhidmatan yang cekap pada setiap masa.

Prestasi
PTP memulakan operasi pada Oktober 1999, serta menjalankan perkhidmatan pertama pada April 2000 oleh MitsuiOSK Lines.

Pada bulan Jun Maersk Sealand dan APL-NOL telah memulakan perkhidmatan tetap di perlabuhan ini. Pada Ogos 2000, pelabuhan menganggap Maersk sebagai rakan kongsi yang strategik, yang dianggarkan akan membawa ketumpatan sebanyak 2 juta TEU ke PTP pada setiap tahun. Pada tahun 2000, PTP telah dianugerahkan dengan anugerah 'Best Emerging Container Terminal' dari Lloyds List kerana berjaya menunjukkan prestasi yang sangat baik sepanjang perjalanan operasi.

Kecekapan Komputer
Untuk melancarkan operasi, PTP menggunakan perkhidmatan teknologi maklumat untuk menyambungkan seluruh pengguna pelabuhan antara satu sama lain. Sistem ini juga membantu pengimport/pengeksport, ejen perkapalan dan pelabuhan untuk berkomunikasi atau menyampaikan maklumat dengan lebih cekap dan cepat, tanpa menggunakan kertas dengan kuantiti yang banyak. Pelabuhan juga dilengkapi dengan sistem pintu gerbang  automatik yang membolehkan pengurusan pengangkutan kotak yang lebih cepat. Tambahan, pengurusan dermaga, perancangan kawasan dan perancangan kapal ditetapkan oleh sistem berkomputer bagi meningkatkan produktiviti.