Lembaga Pelabuhan Johor merupakan sebuah badan kawalselia yang mengawalselia operasi di Pelabuhan Pasir Gudang dan operasi di Pelabuhan Tanjung Pelepas di Gelang Patah.

Sebagai badan kawalselia. Lembaga Pelabuhan Johor bertanggungjawab dalam:

a)	Operasi yang dijalankan di dalam pelabuhan-pelabuhan tersebut.
b)	Mengawal tariff pelabuhan yang dikenakan oleh operator-operator pelabuhan kepada semua pengguna pelabuhan
c)	Mengawal pembangunan pelabuhan dan hal ehwal hartanah dengan memastikan operator-operator pelabuhan menjalankan pembangunan pelabuhan mengikut Pelan Induk Pelabuhan dan Dasar Pembangunan Negara.
d)	Menetapkan standard prestasi pelabuhan dengan memastikan operator pelabuhan menyediakan perkhidmatan dan kemudahan yang efisien dan efektif mengikut Piawaian Antarabangsa.
e)	Menjaga keselamatan di had perairan Johor terutamanya daripada ancaman lanun, penyeludupan dan sebagainya.
f)	Permudahcara perdagangan ialah mengadakan promosi bagi pihak operator-operator pelabuhan dengan menyertai pameran dan lawatan-lawatan perdagangan.

Selain daripada itu, LPJ juga mengeluarkan lesen bagi perkhidmatan-perkhidmatan seperti:

i)	Jeti-Jeti Persendirian
ii)	Perkhidmatan sokongan :
	- Ship Chandling
	- Kerani Hitung
	- Stuffing/Unstuffing
	- Bunkering
	- Lashing/Unlashing
	- Alat Ganti dan Pembaikan Kapal
	- Stevedoring
iii)	Malim

Lembaga Pelabuhan Johor juga telah diamanatkan oleh kerajaan untuk menguruskan Terminal Feri Tanjung Belungkor di Kota Tinggi dan Terminal Feri Changi di Singapura.

LPJ menjalankan fungsi mengikut kuasa-kuasa yang diperuntukkan di bawah:

	Pengguna Pelabuhan
	- Akta 488 (Akta Lembaga-Lembaga Pelabuhan 1963 – Pindaan 1990)
	- Undang-Undang Kecil LPJ 1979
	- Perjanjian pajakan dengan pengguna pelabuhan
	Pengendali Berlesen
	- Akta 488 (Akta Lembaga-Lembaga Pelabuhan 1963 – Pindaan 1990)
	- Akta 422 (Akta Penswastaan 1992)
	- Undang-Undang Kecil LPJ 1979
	- Perjanjian Pajakan dengan pengendali-pengendali berlesen
	- Perjanjian Penswastaan 1993 (Konsesi)
	- Lesen
	- Perjanjian pengurusan
	- IMDG
	- ISPS
	- Akta Lembaga-Lembaga Pelabuhan 1963 (Pindaan 1990)