Logo ini mengandungi 3 huruf di dalam satu bentuk iaitu L, P dan J.

Huruf yang pertama berbentuk huruf "L" yang bermaksud Lembaga. Manakala huruf kedua adalah huruf "P" yang merujuk kepada Pelabuhan dan huruf yang terakhir ialah "J" yang bererti Johor. Apabila huruf-huruf ini digabungkan, ianya akan menjadi perkataan "LEMBAGA PELABUHAN JOHOR".

Warna biru pada logo menunjukkan laut yang berhubung kait dengan industri maritim. Warna biru juga melambangkan semangat perpaduan dan harmoni di dalam masyarakat pelabuhan bagi menjana perkhidmatan yang berkualiti serta bertaraf antarabangsa.